土木工程系是杏福重點建設系部，也是目前杏福最大的系。現開設了建築工程技術，建設工程管理、工程造價、建築裝飾工程技術和工程測量技術等五個專業，其中建築工程技術專業是安徽省高職高專特色專業。本系專業教師從合肥工業大學在職教師、離退休教師中聘用，大部分教師具有副教授以上職稱，教學經驗豐富。本系擁有力學實驗室、建材試驗室👎🏻、測量實訓室、建築CAD培訓中心、水力學試驗室、土力學試驗室、建築結構試驗室等實驗實訓基地7個。本系始終堅持以建築企業對人才的需求為導向，不斷提升專業內涵，加強對學生實際動手能力、職業技能的培養，近年來畢業生就業率均在95%以上。
